中微量元素水溶肥種的微量元素包括鈣、鎂等營養元素，含有硝態氮。雖然植物對微量元素的需要量很少，但它們對植物的成長發育的作用與大量元素是同等重要的，當某種微量元素缺乏時，作為生長發育受到明顯的影響，產量降低，品質下降。另一方面。微量元素會使作物中毒，輕則影響產品和品質，嚴重時甚至危及人畜健康。隨著作物產品的不斷提高和化肥的大量施用，對微量元素肥料的施用逐漸迫切。在微量元素肥料中通常以鐵、錳、鋅、銅、鎂、鈣的硫酸鹽、硼酸、鉬酸以其一價鹽應用較多。

可以葉面施肥、浸種蘸根、灌溉施肥，灌溉包括噴灌、滴灌等方式進行灌溉時施肥，既節約用水，又節約施肥，而且還植物吸收快。葉面施肥，把肥料先稀釋溶解于水中進行葉面噴施，或者與非強堿強酸性農藥一起溶于水中進行均勻葉面噴施，通過葉面氣孔進入植株內部，植物可以通過葉片營養吸收，極大地提高了肥料吸收利用效率。大量元素水溶肥的施用方法十分簡便，它可以隨著灌溉水包括噴灌、滴灌等方式進行灌溉時施肥，既節約了水，又節約了肥料，而且還節約了勞動力，這在勞動力成本日益高漲的今天使用水溶性肥料的效益是顯而易見的。由于水溶性肥料的施用方法是隨水灌溉，所以使得施肥極為均勻，這也為提高產量和品質奠定了堅實的基礎。水溶性肥料一般雜質較少，電導率低，使用濃度十分方便調節，所以它即使對幼嫩的幼苗也是安全的，不用擔心引起燒苗等不良后果。