一、軟件定制開發的需求階段
這個過程是整個軟件定制開發的開始階段，同時也是非常重要的階段，需要終用戶和軟件廠商的緊密配合，包括需求的收集，需求的分析整理，需求的評審，需求的變更管理（一般在需求確定之后的設計、開發和維護階段發生）等過程。很多用戶在選擇了軟件開發廠商后，就只等軟件開發廠商交付軟件系統，實際上這是非常錯誤的，沒有經過充分的需求溝通而交付的系統肯定是一個不能滿足用戶需要的系統，用戶的滿意度也一定非常低。
需求的成功是軟件系統成功開發的基本保障。軟件需求的處理必須是以軟件廠商為主導，終用戶配合的過程。
二、系統的設計
根據第一階段的收集整理的需求，進行系統的架構和設計，類似于建筑行業施工前的相關設計。軟件設計是系統開發的基礎，是整個系統的核心和靈魂，設計工作一般主要由軟件開發廠商的設計人員完成，界面的設計也在這個階段。
如果是基于軟件產品基礎上的定制開發，那么需要考慮在現有產品的功能、設計和技術架構下進行設計，結合現有的業務需求，這就要求現有的軟件產品需要具有較好的架構和設計，擁有較好的擴展性和二次開發能力，同時需要考慮到個性化的開發不能夠破壞現有產品的設計，否則后續產品的升級需要重新整合和開發，成本和工作量非常大（這點在很多的軟件產品中普遍存在，與軟件的架構和和設計水平有關）。
三、系統開發
軟件開發廠商根據系統的需求和設計，組織開發人員進行系統的代碼編寫，終用戶一般很難將需求一次性完成的提出，開發過程中涉及到需求的問題需要對設計進行細節的調整。開發人員對需求的理解、編碼的規范和質量等，對軟件系統的質量和穩定性、安全性等方面影響非常大。
四、系統測試
依據第一階段的需求對系統進行功能測試、性能測試（對使用用戶數非常多可能需要進行性能測試）、安全性檢測，功能測試一般由軟件開發廠商和用戶同時進行。
系統測試根據項目周期和功能的多少，可以迭代的進行，如果開發的內容多可以分步提交開發成果進行測試，實現開發和測試迭代進行。
對于測試中發現的問題，一般提交開發人員進行修改，再進行回歸測試（針對修改過的問題進行測試和驗證）。
系統的測試是軟件定制開發的一個重要環節，需要軟件開發廠商和終用戶的緊密配合，需要合理的規劃好時間（特別是工期非常緊的情況下），測試是高質量的軟件系統的根本保障。
五、系統部署和正式運行
系統開發完成后部署在終用戶的正式運行環境，交付給終用戶使用，同時需要對相關的人員進行培訓。這個環節中軟件的推廣和使用是重點，直接關系到軟件的應用效果。
六、系統的維護和服務
軟件在正式運行過程中會遇到BUG（系統錯誤）、使用問題、功能的完善和修改等，軟件廠商需提供相應的服務確保終用戶系統正常穩定的運行。
從以上過程中可以看出，需求階段、測試階段是終用戶和軟件廠商配合程度高的階段。軟件定制開發的周期和復雜程度是由用戶業務需求來決定的，對于業務需求比較簡單的某些環節可以省略、合并。一般情況下，軟件定制開發和軟件產品之間聯系是非常緊密的，當軟件產品不能夠滿足客戶要求時一般只能通過定制開發進行完善，而軟件產品也是在眾多的應用中通過定制開發進行積累和完善的。