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生物制藥、化學制藥、其他植物提取、生物制品及制劑生產過程伴有各種生產工藝和生產方式，復雜性生產工藝和多樣性生產方式決定了制藥廢水產生多樣性的特點。
1 主生產過程排水
此排水是最重要的一類制藥廢水，包括廢濾液、廢母液（從濾液中提取藥物）、溶劑回收殘液等，該制藥廢水濃度高、酸堿性和溫度變化大，藥物殘留是此類制藥廢水的特點，雖然水量未必很大，但是其中污染物含量高，對全部制藥廢水中的COD貢獻比例大，處理難度大。
2輔助過程排水
包括工藝冷卻水（如發(fā)酵罐、消毒設備冷卻水）、動力設備冷卻水（如空氣壓縮機冷卻水、制冷機冷卻水）、循環(huán)冷卻水系統(tǒng)排水、水環(huán)真空設備排水、去離子水制備過程排水，蒸餾（加熱）設備冷凝水等，此類廢水污染物濃度低，但水量大，并且季節(jié)性強，企業(yè)間差異大，此類廢水也是近年來企業(yè)節(jié)水的目標。需要注意的是，一些水環(huán)真空設備排水含有溶劑，COD濃度高。
3沖洗水
包括容器設備沖洗水（如發(fā)酵罐沖洗水）、過濾設備沖洗水、樹脂柱（罐）沖洗水、地面沖洗水等。其中：過濾設備沖洗水（如板框過濾機、轉鼓過濾機等過濾設備沖洗水）污染物濃度也很高，主要是懸浮物，如果控制不當，也會成為重要污染；樹脂柱（罐）沖洗水水量也比較大，初期沖洗水污染物濃度高，并且酸堿性變化大，也是一類重要制藥廢水。
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